Anpassa modellen
Nu är du redo att genomföra analysen av differentiell bindning. Den visar vilka av topparna som skiljer sig signifikant i intensitet mellan de två tumörtyperna. Att känna till vilka toppar som skiljer sig åt mellan grupperna utgör grunden för vidare analys som syftar till att fastställa de underliggande mekanismer som driver dessa skillnader. Låt oss för nu fokusera på att hitta de differentiellt bundna topparna. Funktionen dba.analyze() från DiffBind låter dig göra just detta. I föregående övning satte du upp kontrasten för jämförelsen mellan tumörtyper. Med hjälp av objektet som innehåller kontrasten kan du helt enkelt anropa dba.analyze() för att utföra resterande arbete.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Undersök objektet
ar_bindingför att bekräfta att det innehåller den nödvändiga kontrasten. - Kör analysen av differentiell bindning.
- Undersök resultatet.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)