Peak-anrop
Reads är spridda över hela genomet, men platser som är bundna av proteinet i fråga attraherar många överlappande reads, vilket skapar toppar i täckning – så kallade peaks. Dessa peaks registreras vanligtvis med sina genomiska koordinater samt ett poängvärde som anger styrkan hos den signal som observerats för just den toppen.
En uppsättning peak-anrop har laddats in i R åt dig. Peak-anropen lagras i ett GenomicRanges-objekt med namnet peaks. Utöver de vanliga funktionerna för att komma åt innehållet i GenomicRanges-objekt finns det två hjälpfunktioner tillgängliga för peak-anrop. Du kan använda funktionen chrom för att hämta kromosomen som ett peak befinner sig på, och funktionen score för att hämta dess poängvärde.
Den här övningen är en del av kursen
ChIP-seq med Bioconductor i R
Övningsinstruktioner
- Skriv ut en sammanfattning av
peaks. - Använd funktionen
score()för att hitta indexet för det peak med högst poäng. - Extrahera de genomiska koordinaterna för det peak med högst poäng med hjälp av funktionerna
chrom()ochranges().
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___