Genes que fazem a diferença
Identificar picos de ChIP-seq é importante, mas isso não diz muito sobre o que está acontecendo dentro da célula.
Neste exercício, você terá um vislumbre de como usar anotações do genoma para interpretar resultados de ChIP-seq. Dois
conjuntos de genes foram carregados na sessão do R para você. O primeiro, ar_sets, traz a lista de todos os genes associados
a picos nos tumores primários e nos resistentes ao tratamento. O segundo, db_sets, é um subconjunto do primeiro que
contém apenas genes associados a picos que mostram evidências de ligação diferencial entre as duas condições.
Você usará a função upset() do pacote UpSetR para visualizar a sobreposição entre os conjuntos de genes das
amostras de tumor primário e resistente ao tratamento.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Dê uma olhada nos conjuntos completos de genes armazenados no objeto
ar_sets. - Visualize a sobreposição entre os dois grupos usando a função
upset(). - Veja os genes com ligação diferencial.
- Visualize a sobreposição dos picos com ligação diferencial entre os dois grupos usando a função
upset().
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))