Ajustando o modelo
Agora você está pronto para realizar a análise de ligação diferencial. Isso vai indicar quais picos diferem significativamente em intensidade entre os dois tipos de tumor. Saber quais picos diferem entre os grupos será a base para análises posteriores que buscam determinar os mecanismos subjacentes que explicam essas diferenças. Por enquanto, vamos encontrar os picos diferencialmente ligados. A função dba.analyze() do pacote DiffBind permite fazer isso. No exercício anterior, você definiu o contraste para a comparação entre os tipos de tumor. Usando o objeto com esse contraste, você pode simplesmente chamar dba.analyze() para fazer o restante do trabalho.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Examine o objeto
ar_bindingpara confirmar que ele contém o contraste necessário. - Execute a análise de ligação diferencial.
- Examine o resultado.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)