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Lendo arquivos BED

Neste exercício, você vai carregar as chamadas de pico de um arquivo BED e usar as informações sobre as localizações dos picos para extrair leituras que se sobrepõem aos picos a partir de um arquivo BAM.

Este exercício faz parte do curso

ChIP-seq com Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Use a função import.bed para carregar as chamadas de pico de chr20_peaks.
  • Use essas chamadas de pico para criar um objeto BamViews para chr20_bam.
  • Carregue as leituras que se sobrepõem às chamadas de pico.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)

# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)

# Load the reads
reads <- ___(___)
Editar e executar o código