Gráfico vulcão
Gráficos vulcão mostram a relação entre a diferença entre grupos (expressa como log fold change) e os valores de p do teste que compara as intensidades dos picos. Isso oferece uma visão geral dos resultados estatisticamente significativos e de seus tamanhos de efeito. O DiffBind fornece a função dba.plotVolcano() para criar esses gráficos.
O objeto ar_diff contém os resultados da análise de ligação diferencial.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Crie um gráfico vulcão.
- Observe o gráfico. Onde estão localizados os resultados significativos?
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)