Resumindo diferenças na ligação de proteínas
O último gráfico dos picos diferencialmente ligados que você verá nesta lição é um boxplot. Esse tipo de gráfico é útil para resumir a distribuição das intensidades dos picos em cada amostra. O DiffBind oferece a função dba.plotBox() para isso. Boxplots destacam a posição da mediana em diferentes grupos e também a dispersão dos dados ao seu redor. O gráfico produzido pelo DiffBind compara os dois grupos (tumor primário e resistente ao tratamento), assim como subconjuntos formados pelos picos diferencialmente ligados. Além do próprio gráfico, dba.plotBox() também retorna valores de p para as comparações pareadas entre esses grupos.
Como antes, os resultados da análise de ligação diferencial estão disponíveis como ar_diff.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Crie um boxplot das intensidades dos picos.
- Inspecione os valores de p retornados. Quais conjuntos de picos são significativamente diferentes entre si?
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)