Consolidando picos
Antes de explorar como anotar chamadas de pico, pode ser útil ver como obter um conjunto de picos mesclado que reúna as chamadas de todos os samples. O pacote ChIPpeakAnno oferece a função findOverlapsOfPeaks() para isso. Ela permite mesclar conjuntos de picos, representados como GenomicRanges, de até cinco samples.
Antes de usar essa função, você precisa extrair as informações sobre as chamadas de pico do objeto ChIPQCexperiment que criou anteriormente. Você pode recuperar as localizações dos picos com a função peaks(). Note que isso retornará as chamadas de pico de todos os samples, incluindo aqueles que não passaram no QC. Um vetor com os índices dos samples que selecionamos para análise posterior na etapa de QC está disponível como qc_pass.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Extraia os picos do objeto ChIPQCexperiment.
- Descarte todos os samples que falharam no QC.
- Encontre sobreposições entre os conjuntos de picos usando a função
findOverlapsOfPeaks(). - Examine o conjunto de picos mesclado disponível no item
mergedPeaks.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)