Chamadas de picos
As leituras estão espalhadas por todo o genoma, mas regiões ligadas pela proteína de interesse atraem muitas leituras sobrepostas, gerando picos na cobertura. Esses picos geralmente são registrados com suas coordenadas genômicas e um escore que indica a intensidade do sinal observado para esse pico.
Um conjunto de chamadas de picos foi carregado no R para você. As chamadas de picos estão armazenadas em um objeto GenomicRanges chamado peaks. Além das funções usuais para acessar o conteúdo de objetos GenomicRanges, duas funções de conveniência estão disponíveis para chamadas de picos. Você pode usar a função chrom para obter o cromossomo onde um pico está localizado e a função score para obter seu escore.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Imprima um resumo de
peaks. - Use a função
score()para encontrar o índice do pico com maior escore. - Extraia as coordenadas genômicas do pico com maior escore usando as funções
chrom()eranges().
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___