Lendo arquivos BAM

Para começar, você vai ler leituras mapeadas de um arquivo BAM no R. Esses arquivos armazenam informações sobre o alinhamento entre as sequências lidas e o genoma de referência em um formato binário compactado. Carregar dados de arquivos BAM é uma tarefa comum ao analisar dados genômicos.

Neste exercício, você primeiro vai carregar todas as leituras de um arquivo BAM. Isso é simples, mas pode exigir muita memória; por isso, na segunda parte, você vai aprender a carregar apenas as leituras de uma região de interesse.

Este exercício faz parte do curso

ChIP-seq com Bioconductor em R

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Instruções do exercício

Carregue as leituras do arquivo chr20_bam usando a função readGAlignments().
Crie um objeto BamViews para chr20_bam que cubra a região 29805000 - 29820000 no cromossomo 20.
Use readGAlignments() novamente para carregar apenas as leituras nessa visualização.
Inspecione o objeto reads_sub usando str().

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

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