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Associando picos a genes

Você está quase pronto para explorar em mais detalhe a relação entre picos, genes e suas funções. Mas antes, vamos analisar com mais cuidado como as localizações dos picos se relacionam com os genes. O pacote chipenrich oferece funções de plotagem úteis para isso. O objeto peaks contém as coordenadas dos picos que você usou antes. A função plot_dist_to_tss() pode criar um gráfico da distribuição das distâncias entre as posições dos picos e o sítio de início de transcrição (TSS) dos genes.

A função plot_chipenrich_spline() permite avaliar a frequência de picos em relação ao comprimento dos genes. Além das frequências observadas, ela também plota a distribuição esperada para o teste exato de Fisher, um modelo binomial e o modelo usado pela função chipenrich().

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ChIP-seq com Bioconductor em R

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Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")
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