Associando picos a genes
Você está quase pronto para explorar em mais detalhe a relação entre picos, genes e suas funções. Mas antes, vamos analisar com mais cuidado como as localizações dos picos se relacionam com os genes. O pacote chipenrich oferece funções de plotagem úteis para isso. O objeto peaks contém as coordenadas dos picos que você usou antes. A função plot_dist_to_tss() pode criar um gráfico da distribuição das distâncias entre as posições dos picos e o sítio de início de transcrição (TSS) dos genes.
A função plot_chipenrich_spline() permite avaliar a frequência de picos em relação ao comprimento dos genes. Além das frequências observadas, ela também plota a distribuição esperada para o teste exato de Fisher, um modelo binomial e o modelo usado pela função chipenrich().
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")