Calculando a cobertura
Agora é hora de estender as leituras até o comprimento médio do fragmento para obter uma estimativa de cobertura melhor. Ao estender as leituras, você combina as leituras das duas extremidades de um fragmento em um único pico de cobertura, o que ajuda a distinguir picos do ruído de fundo.
O arquivo BAM do amostra GSM1598218 que você usará neste exercício já foi carregado para você. O comprimento médio do fragmento para esta amostra é 183 pb. As leituras estão disponíveis como um objeto GRanges chamado reads_gr.
Pode levar um instante para carregar todos os dados e pacotes do R necessários para este exercício. Por favor, tenha paciência.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Estenda as leituras até o comprimento médio do fragmento.
- Calcule a cobertura dos fragmentos.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)