Agrupando amostras
Outra forma de analisar as semelhanças entre amostras é por meio do agrupamento hierárquico. Esse processo envolve duas etapas. Primeiro, você vai calcular a distância entre as amostras com base na cobertura (normalizada) dos picos usando a função dist(). Em seguida, você pode usar essas distâncias em pares para agrupar amostras semelhantes usando hclust(). Isso vai gerar um dendrograma que representa a relação hierárquica entre as amostras.
Uma matriz com dados de cobertura devidamente normalizados está disponível como o objeto R cover.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Calcule as distâncias em pares entre as amostras usando
dist(). - Use
hclust()para criar um dendrograma a partir da matriz de distâncias. - Plote o dendrograma.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)