Gráfico MA
Um gráfico MA visualiza as diferenças entre dois grupos em relação à intensidade média do sinal. Isso é útil para avaliar possíveis vieses nos dados. Normalmente, não se espera que a maioria das intensidades de picos mude entre as condições. Isso significa que os pontos no gráfico devem ficar agrupados em torno de uma linha horizontal em 0, indicando nenhuma mudança. Os gráficos MA também ajudam a ter uma impressão visual rápida do tamanho das diferenças entre os grupos.
Assim como as funções de plotagem que você usou antes, o DiffBind oferece a função dba.plotMA() para criar gráficos MA, que consegue extrair todas as informações necessárias do objeto DBA.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Use a função
dba.plotMA()para criar um gráfico MA. - Observe o gráfico. Note como as diferenças significativas são destacadas.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create an MA plot
___(ar_diff)