Configurando o modelo

Antes de executar a comparação entre grupos, você precisa informar ao DiffBind como as amostras estão divididas entre eles. A forma mais simples é usar uma das categorias predefinidas que o DiffBind associa às amostras. Elas incluem agrupamentos comuns de interesse, como a condição ou o tecido associado a cada amostra. Você pode indicar qual deseja usar por meio do argumento categories, usando constantes como DBA_CONDITION e DBA_TISSUE. A página de ajuda de dba.contrast() traz a lista completa das constantes disponíveis.

Este exercício faz parte do curso

ChIP-seq com Bioconductor em R

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Instruções do exercício

Examine o objeto ar_binding.
Identifique a categoria correspondente às condições Tumor Primário (primary) e Resistente ao Tratamento (TURP).
Defina o contraste para comparar os dois tipos de tumor.
Examine o objeto dba_peaks para confirmar que o contraste foi adicionado.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Editar e executar o código