Plotando uma região em detalhes
Agora é sua vez de plotar uma região genômica com o Gviz. Todos os dados deste exercício são do cromossomo 20 de uma única amostra. Um ideograma do cromossomo 20 já foi criado para você e está disponível como ideogram. As leituras mapeadas já foram convertidas em dados de cobertura. Essas informações estão disponíveis como um objeto GRanges chamado cover_ranges. As chamadas de picos na região que você vai plotar estão no objeto peak_calls.
Pode levar um momento para carregar todos os dados e pacotes do R necessários para este exercício. Por favor, tenha paciência.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Crie trilhas de anotação para as chamadas de picos.
- Crie uma trilha de dados para a cobertura de leituras.
- Exiba o gráfico mostrando, de cima para baixo, um ideograma, a trilha de cobertura, a trilha de chamadas de picos e um eixo exibindo a posição genômica.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)