Picos vs. background
Agora é hora de comparar a distribuição de cobertura entre picos, regiões em blacklist e o background. Neste exercício, você vai analisar dados do cromossomo 5.
As contagens de leituras em bins para picos, regiões em blacklist e background deste cromossomo estão disponíveis como peak_bins, bl_bins e
bkg_bins, respectivamente. A coluna score contém as contagens de leituras.
Pode levar um momento para carregar todos os dados e pacotes de R necessários para este exercício. Por favor, tenha paciência.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Prepare as contagens de leituras para o gráfico organizando-as em data frames.
- Combine os três data frames usando
rbind(). - Crie um boxplot das contagens de leituras por tipo de bin.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()