Entendendo o impacto em vias
Vias biológicas são outra forma útil de agrupar genes. Neste exercício, você vai examinar os resultados de uma análise de enriquecimento de vias que considera picos mais pronunciados nas amostras de tumor primário. O objeto enrich_primary contém os resultados. Ele é uma lista com quatro entradas. Seu foco agora é em results, um data frame com os resultados do enriquecimento, ordenado por significância. Ele inclui o ID e o nome dos conjuntos de genes e os genes associados a picos que fazem parte do conjunto. Aqui, os genes são reportados como IDs Entrez. Você pode usar o banco de dados fornecido pelo pacote org.Hs.eg.db para converter entre IDs Entrez e símbolos gênicos. A função select() oferece uma interface prática para selecionar entradas da coluna SYMBOL usando o tipo de chave ENTREZID.
Este exercicio faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercicio
- Examine os principais conjuntos de genes.
- Extraia os IDs de genes do conjunto mais bem posicionado.
- Separe os IDs de genes em um vetor.
- Converta os IDs de genes em símbolos gênicos.
exercicio interativo prático
Tente este exercicio completando este código de exemplo.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)