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Revisitando PCA e mapa de calor

Agora que você identificou as principais diferenças entre as amostras, pode criar outro conjunto de gráficos para compará-las. Eles são muito semelhantes aos que você viu antes, mas desta vez você vai usar apenas picos com ligação diferencial. Isso reduz o ruído no gráfico e ajuda a destacar as diferenças. As funções de plotagem do DiffBind têm um argumento contrast que permite especificar qual comparação deve ser usada para selecionar os picos a serem plotados. Neste exercício, você vai comparar os gráficos originais com suas versões “limpas”.

Este exercício faz parte do curso

ChIP-seq com Bioconductor em R

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Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)
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