Revisitando PCA e mapa de calor
Agora que você identificou as principais diferenças entre as amostras, pode criar outro conjunto de gráficos para compará-las. Eles são muito semelhantes aos que você viu antes, mas desta vez você vai usar apenas picos com ligação diferencial. Isso reduz o ruído no gráfico e ajuda a destacar as diferenças. As funções de plotagem do DiffBind têm um argumento contrast que permite especificar qual comparação deve ser usada para selecionar os picos a serem plotados. Neste exercício, você vai comparar os gráficos originais com suas versões “limpas”.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)