Visualizando diferenças na ligação de proteínas
Tanto o gráfico de PCA quanto o dendrograma indicam que as amostras de tumores primários e de tumores resistentes ao tratamento formam um cluster cada. Isso é animador, mas diz muito pouco sobre como essas diferenças se parecem. Neste exercício, você vai criar um mapa de calor que compara a intensidade dos picos entre as amostras. Isso pode ajudar a destacar padrões na ligação de proteínas que diferenciam grupos de amostras.
O conjunto de picos, consolidado entre as amostras, está disponível como peaks. Para criar um mapa de calor de picos a partir disso, você precisará saber
quantos picos existem no conjunto de dados. Detalhes do conjunto de picos mesclados estão disponíveis na entrada merged de peaks.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Imprima o objeto
peaks. - Obtenha as coordenadas dos picos mesclados.
- Extraia o número de picos presentes nos dados.
- Crie um mapa de calor usando a função
dba.plotHeatmap.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)