Introdução aos experimentos de ChIP-seq. Por que eles são interessantes? Que tipo de fenômenos podem ser estudados com ChIP-seq e o que podemos aprender com esses experimentos.

O que é ChIP-seq?

Revisão de ChIP-seq

Dados de sequenciamento

Chamadas de picos

Fluxo de trabalho de ChIP-seq

Mapa de calor

Genes que fazem a diferença

Resumo dos resultados de ChIP-seq

Entendendo dados de ChIP-seq

Introdução ao ChIP-seq

Agora a análise de ChIP-seq começa para valer. Este capítulo apresenta ferramentas do Bioconductor para importar e limpar os dados.

Importando dados

Lendo arquivos BAM

Lendo arquivos BED

Olhando mais de perto os picos

Plotando uma região em detalhes

Adicionando anotações

Limpando dados de ChIP-seq

Removendo regiões em blacklist

Filtrando leituras

Compare dados filtrados com leituras brutas

Avaliando enriquecimento

Calculando a cobertura

Picos vs. background

De Volta ao Básico - Preparando dados de ChIP-seq

Este capítulo apresenta técnicas para identificar e visualizar diferenças entre amostras de ChIP-seq.

Introdução à ligação diferencial

Essas amostras parecem iguais para você?

Agrupando amostras

Visualizando diferenças na ligação de proteínas

Testando ligação diferencial

Carregando contagens de leituras

Configurando o modelo

Ajustando o modelo

Revisitando PCA e mapa de calor

Um olhar mais atento sobre ligação diferencial

Gráfico MA

Gráfico vulcão

Resumindo diferenças na ligação de proteínas

Comparando amostras de ChIP-seq

Ser capaz de identificar ligação diferencial entre grupos de amostras é ótimo, mas o que isso significa? Este capítulo discute estratégias para interpretar resultados de ligação diferencial e ir das chamadas de pico a insights biologicamente significativos.

Interpretando picos de ChIP-seq

Consolidando picos

Usando anotações

Anotando picos

Quais picos são diferentes?

Interpretando listas de genes

Associando picos a genes

Encontrando temas em comum

Entendendo o impacto em vias

Um olhar mais atento sobre as vias

Análises avançadas de ChIP-seq

Dos Picos aos Genes e à Função

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Chromosome 20 dataset

A análise de ChIP-seq é um ramo importante da bioinformática. Ela oferece uma janela para a maquinaria que faz as células do nosso corpo funcionarem. Seja um neurônio ajudando você a ler esta página da web ou uma célula imune patrulhando seu corpo em busca de microrganismos que possam deixá-lo doente, todas elas carregam o mesmo genoma. O que as diferencia são os genes que estão ativos em um dado momento. Quais genes são esses é determinado por um sistema complexo de proteínas que podem ativar e desativar genes. Quando essa maquinaria regulatória sai do controle, pode levar ao câncer e a outras doenças debilitantes. A análise de ChIP-seq nos permite entender a função de proteínas regulatórias, como elas podem contribuir para doenças e pode oferecer insights sobre como intervir para evitar que as células percam o controle. Neste curso, você vai explorar um conjunto de dados real enquanto aprende a processar e analisar dados de ChIP-seq em R.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Aprenda a analisar dados ChIP-seq com Bioconductor usando um conjunto de dados de câncer humano.

ChIP-seq com Bioconductor em R

Aprenda a analisar e interpretar dados ChIP-seq com a ajuda do Bioconductor usando um conjunto de dados sobre câncer humano.

Análise de dados genômicos em R

Statistician, Macquarie University

Taking a closer look at peaks

Using Gviz

What are we plotting?

Setting-up coordinates

Adding Data

Adding Annotations

Gene Annotations

Let's practice!

De Volta ao Básico - Preparando dados de ChIP-seq - Olhando mais de perto os picos

Olhando mais de perto os picos

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