Um olhar mais atento sobre as vias
Neste exercício, você vai construir uma URL que leva a uma via identificada pela análise de enriquecimento e destaca os genes com picos de ChIP-seq. Isso permite ter uma visão geral de como os genes — ou melhor, as proteínas que eles codificam — interagem entre si e com outras proteínas. Com alguma experiência, isso pode rapidamente sugerir mecanismos potenciais que expliquem as diferenças entre os grupos no estudo.
O formato geral dessas URLs é: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Você vai construir a URL necessária para exibir a via com maior destaque da análise de enriquecimento, ressaltando os genes associados a picos. Os objetos top_path e genes que você criou anteriormente estão disponíveis para você no workspace.
Este exercício faz parte do curso
ChIP-seq com Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Adicione o ID da via à URL.
- Una os IDs dos genes na via que foram associados a picos em uma única string, separada por
'+'. - Adicione a string de seleção de genes à URL.
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")