Het gistgenoom opdelen
Genomen zijn vaak groot, maar de interesse ligt meestal in specifieke regio's. Daarom moeten we een genoom opdelen door er delen uit te halen. Om een sequentie-interval te kiezen, gebruik je getSeq() en geef je de naam van het chromosoom en het begin en einde van het sequentie-interval op.
Het volgende voorbeeld selecteert de basen van "chrI" van 100 tot 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Let op: names is optioneel; als je het niet opgeeft, retourneert de functie alle chromosomen. De parameters start en end zijn ook optioneel en krijgen, als je ze niet opgeeft, respectievelijk de standaardwaarden 1 en de lengte van de sequentie.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Gebruik
getSeq()om de eerste 30 basen van het M-chromosoom ("chrM") in het objectyeastGenomeop te halen.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___