Aan de slagGa gratis aan de slag

IRanges construeren

In de video zag je enkele voorbeelden van de IRanges-constructor. Nu ga jij oefenen met het maken van sequentie-intervallen met verschillende argumenten en kijken hoe deze argumenten worden hergebruikt of aangevuld.

Met de functie IRanges() kun je parameters opgeven zoals start, end of width. Deze invoerparameters vallen in een van twee categorieën:

  • start, end en width zijn numerieke vectoren.
  • De parameter start is een logische vector.

Ontbrekende argumenten worden aangevuld met de vergelijking width = end - start + 1.

De IRanges()-constructor geeft aan dat alle parameters optioneel zijn met standaardwaarde NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Introductie tot Bioconductor in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

Construeer drie IRanges-objecten met de volgende argumenten:

  • IRnum1: Een start gelijk aan een vector met de waarden 1 tot en met 5 en end gelijk aan 100.
  • IRnum2: Een end gelijk aan 100 en width gelijk aan zowel 89 als 10.
  • IRlog1: start gelijk aan Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Print de objecten en bekijk de resultaten!

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
Code bewerken en uitvoeren