Menselijk genoom chromosoom X
Het is jouw beurt om het pakket TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene te gebruiken en er informatie uit te halen. Net als in de video subset je alle genen op chromosoom X met de functie genes() en het argument filter, ingesteld om instanties te selecteren waar tx_chrom = "chrX". Daarna ga je deze subset van genen verkennen.
Onthoud dat filter een list() met filtervoorwaarden ontvangt om specifieke genoomintervallen te selecteren.
Als je andere filters wilt proberen, geldige namen voor deze lijst zijn: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" en "exon_rank".
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg