Een geconserveerde regio vinden binnen zes frames
Gefeliciteerd dat je zo ver bent gekomen!
Nu kun je zoeken naar de NS5-eiwitsequentie in de Zika-virussequentie. NS5 is een sterk geconserveerd viraal eiwit. Het is voor je gedownload en geladen vanaf Uniprot.
De DNA-sequentie van het Zika-virus is getranscribeerd naar een RNAStringSet, genaamd rnaframesZikaSet. Deze set heeft zes leesframes (één per sequentie) die je kunt vertalen naar aminozuren. Bij het zoeken stel je het argument max.mismatch in je aanroep van vcountPattern() in om je zoekopdracht wat speling te geven.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F