GenomicRanges-accessors
In de vorige oefening heb je een GRanges-object gemaakt op basis van een data frame met de basisinformatie. Je zult zien dat GRanges nog veel meer kan opslaan!
Gebruik de accessor-methode om het GRanges-object myGR te verkennen. Je kunt kenmerken uit een GRanges-object halen, zoals chromosoomnamen, het aantal sequenties, de namen van elke sequentie, informatie over strand, score, lengte en meer.
De volgende zijn basis-accessors voor GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Voor een volledige lijst met accessors kun je methods(class = "GRanges") raadplegen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Haal de sequentie-informatie op voor
myGR. - Controleer de metadata met
mcols().
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___