Aan de slagBegin gratis

Neem een steekproef uit een fastq-bestand

Jij bent aan de beurt om een steekproef te trekken uit een sequentie met veel reads.

Je gebruikt hetzelfde bestand als in de vorige oefening. Dit bestand bevat 500 reads, elk van 50 bp. Het bestandspad staat in een object f.

Met FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() en yield() kun je 100 reads uit je sequentiebestand selecteren.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Introductie tot Bioconductor in R

Bekijk cursus

Oefeninstructies

  • Laad ShortRead.
  • Gebruik set.seed() met waarde 1234.
  • Gebruik FastqSampler() met het kleine fastq-bestand in f en selecteer 100 reads.
  • Gebruik yield() om de subset te genereren.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Code bewerken en uitvoeren