Zoeken naar een patroon
Laten we een paar voorkomens van een patroon in de zikaVirus-set vinden met vmatchPattern(). Probeer daarna dezelfde patroonzoekopdracht met matchPattern() op een enkele sequentie, zikv.
# Voor sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# Voor enkele sequenties
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Beide functies zouden evenveel voorkomens moeten vinden, maar je ziet een andere output. Hoeveel treffers krijg je wanneer je elke patroonzoekopdracht afzonderlijk uitvoert?
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Interactieve oefening met praktijkervaring
Zet theorie om in actie met een van onze interactieve oefeningen
Begin oefening