On-the-fly reads filteren!
Wat als je, van alle reads in een bestand, maar in een deel ervan geïnteresseerd bent? Dan gebruik je een filter!
Stel dat je alleen die reads wilt die beginnen met het patroon "ATGCA". Een kleine filterfunctie kan dat voor je doen met srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Deze functie, die al voor je is aangemaakt, neemt een ShortRead-afgeleid object als input en geeft de reads terug die beginnen met het patroon "ATGCA". Tijd om deze functie te gebruiken!
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___