Veelgebruikte functies voor sequentiebewerking
Tot nu toe heb je de meest gebruikte functies voor sequentiebewerking geleerd:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
In de praktijk kun je met deze functies heel grote sequenties bewerken.
Om in deze oefening de waarde en de resultaten van deze functies goed te zien, werk je met een kleine subset. Het object zikv, dat je eerder uit het Zika-genoom hebt gesubset, bevat slechts 30 basen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Oefeninstructies
Test de functies met zikv:
- Keer de sequentie om.
- Neem het complement van de sequentie.
- Maak de reverse complement van de sequentie.
- Vertaal de sequentie.
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___