Van tabelgegevens naar Genomic Ranges
In de video heb je manieren geleerd om GRanges-objecten te maken. Je kunt een GRange definiëren met de naam van het bereik en de start- en eindposities (seqnames, start en end). Als je gegevens in tabelvorm hebt, kun je die ook omzetten naar een GRanges-object. Laten we een data frame gebruiken, seq_intervals, want daar sla je zulke sequentie-intervallen waarschijnlijk in op. Let op: je kunt ook een tibble gebruiken als je daar meer mee werkt.
Je gaat het vooraf gedefinieerde data frame seq_intervals omzetten naar een GRanges-object met de functie as(). De functie as() is geïntroduceerd in de vorige video: deze neemt een object en de naam van de klasse waarnaar het object wordt geconverteerd.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Oefeninstructies
- Laad
GenomicRanges. - Print
seq_intervalsom te zien hoe het eruitziet. - Zet
seq_intervalsom naar eenGRanges-object en noem het nieuwe objectmyGR. - Print
myGR.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)
# Print seq_intervals
___
# Create myGR
___ <- ___(___, "___")
# Print myGR
___