Aan de slagGa gratis aan de slag

Hoeveel transcripten?

Weet je nog uit de video hoe we de lengte van de exons bepaalden in een van de transcripten van ons gen van interesse? Nu ben jij aan de beurt om uit te zoeken hoeveel transcripten het gen ABCD1 heeft. Dat kun je doen met:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Zodra je alle transcripten per gen hebt, kun je elk gen selecteren op zijn id. Het gen-id van ABCD1 is 215. Een handige tip om informatie over een specifiek gen te selecteren is om backticks rond het gen-id te zetten, bijvoorbeeld transcripts$`215`.

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Introductie tot Bioconductor in R

Cursus bekijken

Oefeninstructies

  • Laad de human transcripts DB in hg.
  • Prefilter chromosoom X met seqlevels().
  • Haal alle transcripten in hg op per "gene", sla de resultaten op in hg_chrXt en print dit.
  • Selecteer gen `215` uit hg_chrXt met $.

Praktische interactieve oefening

Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Code bewerken en uitvoeren