Duplicaten verwijderen
Het is altijd goed om te controleren dat je sequentie-reads niet te veel duplicaten bevatten.
# Voorbeeld met duplicaten van klasse: ShortReadQ
dfqsample
# Haal de reads uit dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Duplicaten tellen
table(srduplicated(mydReads))
Hoe zou je dubbele reads in een bestand verwijderen? Let goed op wat de voorwaarde in deze filter moet zijn.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Interactieve oefening met praktijkervaring
Zet theorie om in actie met een van onze interactieve oefeningen
Begin oefening