De Zikavirus-sequentie verkennen
Nu ben jij aan de beurt om het genoom van het Zikavirus te verkennen. Het is in je werkruimte geladen als zikaVirus. Het genoom is gedownload van NCBI en je kunt functies uit Biostrings gebruiken om er meer over te weten te komen.
Begin met het controleren van het alfabet van de sequentie.
alphabet() # Toont de letters die in de sequentie voorkomen
alphabetFrequency() # Toont de telling per letter
Onthoud uit de video dat elk alfabet hoort bij een specifiek biostring-container, en dat elk alfabet meestal extra codeletters en symbolen heeft.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___