De kwaliteit van sequenties verkennen
Nu ben jij aan de beurt om een kwaliteitscontrole uit te voeren op fqsample. Dit is een belangrijke stap vóór je verder analyseert, zodat je snel problemen in de data kunt opsporen.
Om de encoderingwaarden voor elke letter in quality() te controleren, gebruik je encoding():
encoding(quality(fqsample))
Voor een samenvatting van de kwaliteitsbeoordeling (QA) gebruik je qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Deze qaSummary is al voor je aangemaakt. QA-elementen kun je benaderen met qaSummary[["nameElement"]], waarbij nameElement de naam is van het element dat je wilt inspecteren.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)