Meer filteren!
Geweldig! Nu je wat geoefend hebt met het filteren van reads, gaan we de functie polynFilter() gebruiken. Deze functie selecteert reads die minder dan een opgegeven aantal dubbele nucleotiden bevatten. Bijvoorbeeld, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) selecteert alle reads die minder dan 20 A's bevatten. De parameter nuc is een karaktervector met IUPAC-symbolen voor nucleotiden of de waarde "other" voor alle niet-nucleotide-symbolen.
Het object fqsample is beschikbaar in je werkruimte.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Introductie tot Bioconductor in R
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil