1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Rozdělení genomu kvasinky

Genomy jsou často velmi rozsáhlé, ale zájem se zpravidla soustředí jen na jejich konkrétní oblasti. Proto potřebujeme genom rozdělit a extrahovat z něj vybrané části. K výběru sekvenčního intervalu slouží funkce getSeq(), kde zadáš název chromozomu a počáteční i koncovou pozici intervalu.

Následující příklad vybere báze chromozomu "chrI" od pozice 100 do 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Poznámka: parametr names je volitelný — pokud ho nezadáš, funkce vrátí všechny chromozomy. Parametry start a end jsou také volitelné; pokud je vynecháš, použijí se výchozí hodnoty 1 a délka sekvence.

Pokyny

100 XP
  • Pomocí getSeq() získej prvních 30 bází chromozomu M ("chrM") z objektu yeastGenome.