Rozdělení genomu kvasinky
Genomy jsou často velmi rozsáhlé, ale zájem se zpravidla soustředí jen na jejich konkrétní oblasti. Proto potřebujeme genom rozdělit a extrahovat z něj vybrané části. K výběru sekvenčního intervalu slouží funkce getSeq(), kde zadáš název chromozomu a počáteční i koncovou pozici intervalu.
Následující příklad vybere báze chromozomu "chrI" od pozice 100 do 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Poznámka: parametr names je volitelný — pokud ho nezadáš, funkce vrátí všechny chromozomy. Parametry start a end jsou také volitelné; pokud je vynecháš, použijí se výchozí hodnoty 1 a délka sekvence.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Pokyny k cvičení
- Pomocí
getSeq()získej prvních 30 bází chromozomu M ("chrM") z objektuyeastGenome.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___