Přístupové metody pro GenomicRanges
V předchozím cvičení jsi vytvořil/a objekt GRanges z datového rámce obsahujícího základní informace. Teď zjistíš, že GRanges toho umí uložit mnohem víc!
Pomocí přístupových metod prozkoumej objekt GRanges s názvem myGR. Z objektu GRanges lze extrahovat různé charakteristiky – například názvy chromozomů, počet sekvencí, jejich názvy, informace o vlákně, skóre, délce a další.
Základní přístupové metody pro GRanges jsou:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Úplný seznam přístupových metod najdeš pomocí methods(class = "GRanges").
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Pokyny k cvičení
- Získej informace o sekvencích pro objekt
myGR. - Zkontroluj metadata pomocí funkce
mcols().
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___