Přístupové metody pro GenomicRanges

V předchozím cvičení jsi vytvořil/a objekt GRanges z datového rámce obsahujícího základní informace. Teď zjistíš, že GRanges toho umí uložit mnohem víc!

Pomocí přístupových metod prozkoumej objekt GRanges s názvem myGR. Z objektu GRanges lze extrahovat různé charakteristiky – například názvy chromozomů, počet sekvencí, jejich názvy, informace o vlákně, skóre, délce a další.

Základní přístupové metody pro GRanges jsou:

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

Úplný seznam přístupových metod najdeš pomocí methods(class = "GRanges").

Získej informace o sekvencích pro objekt myGR.
Zkontroluj metadata pomocí funkce mcols().

.css-6su6fj{-webkit-flex-shrink:0;-ms-flex-negative:0;flex-shrink:0;}cvičení

Pokyny

cvičení