Filtrování čtení za chodu!
Co kdybys ze všech čtení v souboru potřeboval/a pracovat jen s některými? K tomu slouží filtr!
Řekněme, že tě zajímají pouze čtení začínající vzorem "ATGCA". Tuto úlohu zvládne jednoduchá filtrovací funkce využívající srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Tato funkce, která je pro tebe již připravena, přijímá objekt odvozený od ShortRead a vrátí čtení začínající vzorem "ATGCA". Pojďme ji vyzkoušet v praxi!
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___