1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Filtrování čtení za chodu!

Co kdybys ze všech čtení v souboru potřeboval/a pracovat jen s některými? K tomu slouží filtr!

Řekněme, že tě zajímají pouze čtení začínající vzorem "ATGCA". Tuto úlohu zvládne jednoduchá filtrovací funkce využívající srFilter():

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

Tato funkce, která je pro tebe již připravena, přijímá objekt odvozený od ShortRead a vrátí čtení začínající vzorem "ATGCA". Pojďme ji vyzkoušet v praxi!

Pokyny 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Zjisti třídu objektu fqsample.
  • Aplikuj filtr myStartFilter() na fqsample a výsledek ulož do selectedReads.
  • Zjisti třídu objektu selectedReads.