1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Zkoumání kvality sekvencí

Teď je řada na tobě – proveď kontrolu kvality souboru fqsample. Jde o důležitý krok před zahájením dalších analýz, který ti pomůže rychle odhalit případné problémy s daty.

Pro kontrolu kódovacích hodnot jednotlivých znaků v quality() použij funkci encoding():

encoding(quality(fqsample))

Pro souhrn posouzení kvality (QA) využij funkci qa():

qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)

Objekt qaSummary už je pro tebe připravený. K jednotlivým prvkům QA se dostaneš pomocí qaSummary[["nameElement"]], kde nameElement je název prvku, který chceš prozkoumat.

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Načti balíček ShortRead.
  • Zkontroluj kvalitu souboru se sekvencemi fqsample.