Zkoumání kvality sekvencí
Teď je řada na tobě – proveď kontrolu kvality souboru fqsample. Jde o důležitý krok před zahájením dalších analýz, který ti pomůže rychle odhalit případné problémy s daty.
Pro kontrolu kódovacích hodnot jednotlivých znaků v quality() použij funkci encoding():
encoding(quality(fqsample))
Pro souhrn posouzení kvality (QA) využij funkci qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Objekt qaSummary už je pro tebe připravený. K jednotlivým prvkům QA se dostaneš pomocí qaSummary[["nameElement"]], kde nameElement je název prvku, který chceš prozkoumat.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)