1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Hledání konzervované oblasti v šesti čtecích rámcích

Gratulujeme, že jsi se dostal/a až sem!

Teď se podíváš na sekvenci proteinu NS5 ve genomu viru Zika. NS5 je velmi konzervovaný virový protein, který byl stažen a načten za tebe z databáze Uniprot.

DNA sekvence viru Zika byla přepisem převedena do RNAStringSet s názvem rnaframesZikaSet. Tato sada obsahuje šest čtecích rámců (jeden na sekvenci), které budeš překládat do aminokyselin. Při vyhledávání nastavíš argument max.mismatch ve volání funkce vcountPattern(), čímž dodáš vyhledávání potřebnou flexibilitu.

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Vypiš obsah rnaframesZikaSet.
  • Přelož všech 6 čtecích rámců do aminokyselin a vypiš výsledek.