Hledání konzervované oblasti v šesti čtecích rámcích
Gratulujeme, že jsi se dostal/a až sem!
Teď se podíváš na sekvenci proteinu NS5 ve genomu viru Zika. NS5 je velmi konzervovaný virový protein, který byl stažen a načten za tebe z databáze Uniprot.
DNA sekvence viru Zika byla přepisem převedena do RNAStringSet s názvem rnaframesZikaSet. Tato sada obsahuje šest čtecích rámců (jeden na sekvenci), které budeš překládat do aminokyselin. Při vyhledávání nastavíš argument max.mismatch ve volání funkce vcountPattern(), čímž dodáš vyhledávání potřebnou flexibilitu.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F