Kontejnery Biostrings

Teď, když víš, jak zjistit abecedu sekvence, dokážeš určit, jaká je třída kontejneru objektu zikaVirus?

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

Zobrazit kurz

Interaktivní praktické cvičení

Proměňte teorii v praxi s jedním z našich interaktivních cvičení

Začít cvičení

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

SkillTag.level.intermediateSkillTag.label

4.8+

121 reviews

Začněte kurz zdarma

V této kapitole si Bioconductor vyzkoušíš v praxi. Bioconductor je specializované úložiště bioinformatického softwaru, které vyvíjí a spravuje komunita R. Naučíš se instalovat a používat balíčky Bioconductoru. Seznámíš se s objekty a funkcemi třídy S4, protože většina balíčků v Bioconductoru z S4 vychází. Navíc prozkoumáš balíček BSgenome na reálném genomickém datasetu houby.

Exercise 1: Úvod do projektu Bioconductor Exercise 2: Verze Bioconductoru Exercise 3: Instalace balíčků pomocí BiocManageru Exercise 4: Role S4 v Bioconductoru Exercise 5: Definice třídy S4 Exercise 6: Interakce s třídami Exercise 7: Biologie genomických datasetů Exercise 8: Objevování genomu kvasinek Exercise 9: Rozdělení genomu kvasinky Exercise 10: Dostupné genomy

Biostrings jsou paměťově efektivní kontejnery pro řetězce. Balíček Biostrings obsahuje párovací algoritmy a další nástroje pro rychlou manipulaci s velkými biologickými sekvencemi nebo jejich sadami. Jak efektivní dokážeš být, když pro své sekvence zvolíš správné kontejnery? Naučíš se pracovat s abecedami a manipulovat se sekvencemi – a to na malém genomu viru.

Exercise 1: Úvod do Biostrings Exercise 2: Prozkoumání genomu viru Zika Exercise 3: Kontejnery Biostrings

Aktuální cvičení

Exercise 4: Manipulace s Biostrings Exercise 5: Práce se sekvencemi Exercise 6: Ze sady na jednu sekvenci Exercise 7: Subsetting sady sekvencí Exercise 8: Nejčastější funkce pro manipulaci se sekvencemi Exercise 9: Proč nás zajímají vzory?Exercise 10: Hledání vzoru Exercise 11: Hledání palindromů Exercise 12: Hledání konzervované oblasti v šesti čtecích rámcích Exercise 13: Hledání shody

Balíčky IRanges a GenomicRanges jsou kontejnery pro ukládání a manipulaci s genomickými intervaly a proměnnými definovanými podél genomu. Díky svým bohatým funkcím poskytují infrastrukturu a podporu mnoha dalším balíčkům Bioconductoru. Naučíš se pracovat s těmito kontejnery a jejich přidruženými metadaty pro manipulaci se sekvencemi. Jako datová sada poslouží zvláštní gen zájmu v lidském genomu.

Exercise 1: IRanges a genomické struktury Exercise 2: IRanges Exercise 3: Vytváření objektů IRanges Exercise 4: Práce s IRanges Exercise 5: Gen zájmu Exercise 6: Z tabulkových dat do Genomic Ranges Exercise 7: Přístupové metody pro GenomicRanges Exercise 8: Mutace ABCD1 Exercise 9: Chromozom X lidského genomu Exercise 10: Manipulace s kolekcemi objektů GRanges Exercise 11: Sekvenční okno Exercise 12: Je tam?Exercise 13: Více o ABCD1 Exercise 14: Kolik transkriptů?Exercise 15: Z objektu GRangesList na objekt GRanges

ShortRead je balíček pro načítání, manipulaci a hodnocení souborů ve formátech fasta a fastq. Umožňuje ti vybírat podmnožiny sekvencí, ořezávat je, filtrovat a vytvářet zprávy o jejich kvalitě. Na závěr jako bonus získáš nástroje pro paralelní hodnocení kvality – ano, mluvíme o Rqc. A jako datová sada poslouží sekvence genomu rostliny!

Exercise 1: Sekvenční soubory Exercise 2: Proč fastq?Exercise 3: Načítání souborů Exercise 4: Prozkoumání souboru fastq Exercise 5: Extrahuj vzorek ze souboru fastq Exercise 6: Kvalita sekvencí Exercise 7: Zkoumání kvality sekvencí Exercise 8: Graf kvality bází Exercise 9: Vyzkoušej si vlastní graf četnosti nukleotidů Exercise 10: Shoda a filtrování Exercise 11: Filtrování čtení za chodu!Exercise 12: Odstranění duplikátů Exercise 13: Ještě více filtrování!Exercise 14: Vícenásobné hodnocení kvality Exercise 15: Vykreslování průměrné kvality cyklu Exercise 16: Úvod do Bioconductoru