1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Ještě více filtrování!

Skvělá práce! Teď, když máš za sebou trochu praxe s filtrováním čtení, se podíváme na funkci polynFilter(). Tato funkce vybírá čtení, která obsahují méně než zadaný počet po sobě jdoucích stejných nukleotidů. Například polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) vybere všechna čtení, která obsahují méně než 20 nukleotidů A. Parametr nuc je znakový vektor obsahující symboly IUPAC pro nukleotidy nebo hodnotu "other" pro všechny nenukleotidové symboly.

Objekt fqsample je dostupný v tvém pracovním prostředí.

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Extrahuj sekvence z objektu ShortRead fqsample pomocí příslušné funkce.
  • Vytvoř filtr s názvem myFil pomocí polynFilter s těmito parametry:
    • threshold o hodnotě 3 nukleotidy.
    • Znakový vektor nuc rovný "A".
  • Nově vytvořený filtr zkontroluj jeho výpisem do konzole.