Ještě více filtrování!
Skvělá práce! Teď, když máš za sebou trochu praxe s filtrováním čtení, se podíváme na funkci polynFilter(). Tato funkce vybírá čtení, která obsahují méně než zadaný počet po sobě jdoucích stejných nukleotidů. Například polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) vybere všechna čtení, která obsahují méně než 20 nukleotidů A. Parametr nuc je znakový vektor obsahující symboly IUPAC pro nukleotidy nebo hodnotu "other" pro všechny nenukleotidové symboly.
Objekt fqsample je dostupný v tvém pracovním prostředí.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil