1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Manipulace s Biostrings

Pomocí krátké sekvence (dna_seq) z objektu zikaVirus si teď sám/sama vyzkoušíš dva biologické procesy: transkripci a translaci.

V prvních dvou částech tohoto cvičení je budeš aplikovat odděleně. V poslední části je pak provedeš najednou v jediném kroku.

V tomto cvičení pracuješ s velmi krátkou sekvencí, ale pamatuj, že skutečná síla Biostrings se projeví při práci s mnohem většími sekvencemi.

Balíček Biostrings je už načtený. Z objektu zikaVirus přeložíš prvních 21 znaků do AAString.

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Pomocí unlist() rozbal sadu zikaVirus a vyber prvních 21 párů bází pomocí subseq(). Výsledný objekt bude typu "DNAString".
  • Proveď transkripci dna_seq do "RNAString" a výsledek ulož do rna_seq.