Začněte nyníZačněte zdarma

Extrahuj vzorek ze souboru fastq

Teď je řada na tobě – vyber část sekvence z většího souboru čtení.

Budeš pracovat se stejným souborem jako v předchozím cvičení. Tento soubor obsahuje 500 čtení, každé o délce 50 bp. Cesta k souboru je uložená v objektu f.

Pomocí FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() a yield() můžeš ze svého sekvenčního souboru vybrat 100 čtení.

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

  • Načti balíček ShortRead.
  • Použij set.seed() s hodnotou 1234.
  • Použij FastqSampler() s malým souborem fastq uloženým v f a vyber 100 čtení.
  • Pomocí yield() vygeneruj podsekvenci.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Upravit a spustit kód