1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Extrahuj vzorek ze souboru fastq

Teď je řada na tobě – vyber část sekvence z většího souboru čtení.

Budeš pracovat se stejným souborem jako v předchozím cvičení. Tento soubor obsahuje 500 čtení, každé o délce 50 bp. Cesta k souboru je uložená v objektu f.

Pomocí FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() a yield() můžeš ze svého sekvenčního souboru vybrat 100 čtení.

Pokyny

100 XP
  • Načti balíček ShortRead.
  • Použij set.seed() s hodnotou 1234.
  • Použij FastqSampler() s malým souborem fastq uloženým v f a vyber 100 čtení.
  • Pomocí yield() vygeneruj podsekvenci.