1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Chromozom X lidského genomu

Teď je řada na tobě – použij balíček TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene a extrahuj z něj informace. Stejně jako ve videu vyfiltruj všechny geny na chromozomu X pomocí funkce genes() s argumentem filter nastaveným tak, aby vybíral záznamy, kde tx_chrom = "chrX". Pak tento podsoubor genů prozkoumej.

Nezapomeň, že filter přijímá list() s podmínkami filtru pro výběr konkrétních genomových intervalů.

Pokud chceš vyzkoušet jiné filtry, platné názvy pro tento seznam jsou: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" a "exon_rank".

Pokyny 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Načti TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene pomocí library(), přiřaď ho do proměnné hg a vypiš ho.