Chromozom X lidského genomu
Teď je řada na tobě – použij balíček TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene a extrahuj z něj informace. Stejně jako ve videu vyfiltruj všechny geny na chromozomu X pomocí funkce genes() s argumentem filter nastaveným tak, aby vybíral záznamy, kde tx_chrom = "chrX". Pak tento podsoubor genů prozkoumej.
Nezapomeň, že filter přijímá list() s podmínkami filtru pro výběr konkrétních genomových intervalů.
Pokud chceš vyzkoušet jiné filtry, platné názvy pro tento seznam jsou: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" a "exon_rank".
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg