Hledání vzoru
Pojďme najít výskyty vzoru v sadě zikaVirus pomocí vmatchPattern(). Pak zkusíme stejné hledání vzoru pomocí matchPattern() pro jedinou sekvenci zikv.
# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Obě funkce by měly najít stejný počet výskytů, ale výstup se bude lišit. Kolik shod dostaneme při spuštění každého hledání vzoru samostatně?
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Interaktivní praktické cvičení
Proměňte teorii v praxi s jedním z našich interaktivních cvičení
Začít cvičení