Začněte nyníZačněte zdarma

Hledání vzoru

Pojďme najít výskyty vzoru v sadě zikaVirus pomocí vmatchPattern(). Pak zkusíme stejné hledání vzoru pomocí matchPattern() pro jedinou sekvenci zikv.

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Obě funkce by měly najít stejný počet výskytů, ale výstup se bude lišit. Kolik shod dostaneme při spuštění každého hledání vzoru samostatně?

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

Zobrazit kurz

Interaktivní praktické cvičení

Proměňte teorii v praxi s jedním z našich interaktivních cvičení

Začít cvičení