Nejčastější funkce pro manipulaci se sekvencemi
Doposud jsi se seznámil/a s nejběžnějšími funkcemi pro manipulaci se sekvencemi:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
V praxi můžeš pomocí těchto funkcí pracovat i s velmi velkými sekvencemi.
Aby ses ale přesvědčil/a, co jednotlivé funkce dělají a jaké vrací výsledky, použiješ v tomto cvičení malou podmnožinu. Objekt zikv, který jsi předtím vyextrahoval/a z genomu viru Zika, obsahuje pouze 30 bází.
Toto cvičení je součástí kurzu
Úvod do Bioconductoru v R
Pokyny k cvičení
Otestuj jednotlivé funkce na sekvenci zikv:
- Obrať sekvenci.
- Urči komplement sekvence.
- Urči reverzní komplement sekvence.
- Přelož sekvenci.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___