1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Úvod do Bioconductoru v R
Connected

cvičení

Z tabulkových dat do Genomic Ranges

Ve videu ses seznámil/a se způsoby, jak vytvářet objekty GRanges. GRange můžeš definovat pomocí názvu rozsahu a jeho počáteční a koncové pozice (seqnames, start a end). Máš-li data ve formátu tabulky, můžeš je také převést na objekt GRanges. Využijeme datový rámec seq_intervals, protože sekvenční intervaly se nejčastěji ukládají právě takto. Poznámka: pokud ti víc vyhovuje tibble, můžeš použít i ten.

Připravený datový rámec seq_intervals převedeš na objekt GRanges pomocí funkce as(). Tuto funkci jsi viděl/a v posledním videu – přijímá objekt a název třídy, na kterou se má objekt převést.

Pokyny

100 XP
  • Načti balíček GenomicRanges.
  • Vypiš seq_intervals, abys viděl/a, jak vypadá.
  • Převeď seq_intervals na objekt GRanges a nový objekt pojmenuj myGR.
  • Vypiš myGR.