Začněte nyníZačněte zdarma

Z tabulkových dat do Genomic Ranges

Ve videu ses seznámil/a se způsoby, jak vytvářet objekty GRanges. GRange můžeš definovat pomocí názvu rozsahu a jeho počáteční a koncové pozice (seqnames, start a end). Máš-li data ve formátu tabulky, můžeš je také převést na objekt GRanges. Využijeme datový rámec seq_intervals, protože sekvenční intervaly se nejčastěji ukládají právě takto. Poznámka: pokud ti víc vyhovuje tibble, můžeš použít i ten.

Připravený datový rámec seq_intervals převedeš na objekt GRanges pomocí funkce as(). Tuto funkci jsi viděl/a v posledním videu – přijímá objekt a název třídy, na kterou se má objekt převést.

Toto cvičení je součástí kurzu

Úvod do Bioconductoru v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

  • Načti balíček GenomicRanges.
  • Vypiš seq_intervals, abys viděl/a, jak vypadá.
  • Převeď seq_intervals na objekt GRanges a nový objekt pojmenuj myGR.
  • Vypiš myGR.

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Upravit a spustit kód